Được thành lập vào năm 2002, Mekong Airlines khai thác các chuyến bay theo lịch trình đến một số điểm đến ở Đông Nam Á bằng máy bay Boeing 737-500 thuê, được đưa vào sử dụng vào ngày 15 tháng 1 năm 2003 và ngày 16 tháng 10 năm đó đã đánh dấu sự kết thúc hoạt động kinh doanh của hãng hàng không.[2] Hãng hàng không được quản lý chủ yếu bởi người Úc nhờ một thỏa thuận giữa các nhà đầu tư Úc và Campuchia.